海洋环境与渔业资源保护也扎实开展。我省对全省近岸海域、重点港湾、重点增养殖区等海域进行高频率、高密度的定点定时监测，并及时发布监测信息。2006—2009年间共投入资金4366万元，累计投放鱼、虾、贝16.35亿尾（粒）；开展近岸海域环境整治和生态修复。目前，我省海域海洋环境质量保持良好状态，近岸局部海域海洋环境质量恶化的趋势开始得到遏制。
“十一五”期间我省水产养殖方式趋于多元化、养殖品种多样化，养殖业产量和产值逐年递增，形成“以养为主”格局。2009年，全省养殖产量达356.93万吨。海洋捕捞向外海远洋拓展，形成了一支具有较强能力的远洋渔业船队和远洋渔业生产管理体系，远洋渔业已从单一的过洋性远洋渔业向大洋性远洋渔业发展，并取得良好的生产效益。休闲渔业悄然兴起，推出了“水乡渔村”为标志的品牌，较好实现了渔业一、二、三产业的相互结合。
海洋与渔业对外开放度不断提高。我省大力发展外向型渔业，取得良好成效。特别是台商投资更为活跃，目前全省共有台资水产企业525家，合同利用台资8.77亿美元。水产品进出口贸易不断扩大。2009年，全省水产品出口37.64万吨，创汇15.42亿美元，占全省农产品出口创汇额的45.09%。
近几年，我省还注重自主创新，推进一批重大海洋科技专项研究，不断增强海洋事业发展的活力。建设“台湾海峡及毗邻海域海洋环境实时立体监测系统”，在全国率先建成海上立体实时监测网，率先开展13个主要海湾“海湾数模与环境研究”，为我省合理围填海及环境保护提供科学依据和管理手段。全面开展海洋综合调查与评价工作，对我省未来几十年海岸带和近岸海域的环境资源承载力进行科学的评价，摸清我省海洋“家底”。2006年以来，我省有7项成果获得国家海洋创新成果奖，近20项科研成果获得省科学技术奖。科技进步对渔业经济增长的贡献率2009年为58%。
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