菅直人利用时机，首先协调执政党和在野党的利益关系，在抗震救灾政策上寻求各党统一的立场，从而打开更广阔的合作空间。3月13日，菅直人邀请自民党总裁谷垣祯一到首相官邸举行会谈，两党一致同意就灾后重建和救济灾民制定特别措施法案。菅直人呼吁“为了保护国民的生命财产，为了救助国家，请大家携手合作。”谷垣祯一则表示“我们会全力配合”。朝野双方在会谈中还商定，为迅速开展救援和重建工作，地震发生后72小时内各党不向灾区派遣调查团，各党密切交换有关信息。

3月13日，自民党国会对策委员长逢泽一郎会见民主党国会对策委员长安住淳，同意延长税制改革法案中3月末到期的减税措施。逢泽并表示同意民主党提出的地方交付税改正法案、促进中小企业融资法案、关税定率法案等。3月14日，民主党和各在野党的干事长、国会对策委员长举行会谈，讨论各法案的具体通过事宜和今后国会的运营方针。民主党借地震之机和自民党良性互动，但民主党提出的儿童补贴法案遭到自民党代理政调会长林芳正的反对。

其次，菅直人利用地震造成的混乱，推迟原定于4月份举行的统一地方选举。自民党的支持率在2月份比民主党高6%，菅直人内阁的支持率下降到18%。因此，4月份的统一地方选举民主党会一败涂地。地震后，片山善博总务相在3月13日提出要推迟统一地方选举，“根据各地受灾情况决定统一地方选举的时间，受灾地区至少需要几个月的时间恢复。”

而且，地震发生后日本政府紧急成立了首相官邸对策室，菅直人紧急召集内阁所有成员到官邸开会研究对策，并发表讲话呼吁日本国民保持冷静。菅直人身先士卒，尽量表现自己的领导才能。震感尚未消失，菅直人就穿着应急人员穿的蓝色连体工装出现在电视台，他让日本人民“保持冷静”，并向他们保证，政府正在采取一切措施将损失降到最小。他坚定地对政治家们说，我们需要“拯救国家”。地震造成福岛第一核电站的两个反应堆发生爆炸，发生核泄漏事故。菅直人亲自坐镇指挥，受到国民的好评。由于福岛第一、第二核电站关闭，这次地震共11座核反应堆以及数十座传统的火电站和水电站关闭，导致数百万人失去电力供应。为了应对由于反应堆关闭预计会出现的严重电力短缺，菅直人任命行政改革担当大臣莲舫兼任节约用电大臣，呼吁工业用户停止或减少运营，省出电能，保障家庭用户的电力供应。菅直人还任命辻元清美为管理救灾志愿者的首相辅佐官。